実の表面に出る黒い色はメラニン色素です。
露地栽培で多く見られます。
色素が発現する原因は紫外線によるもので、収穫の全期間で見られます。
発現する程度は品種によって異なり、細長のトウガラシの血を引く品種で比較的多く、丸型のピーマン系では少ないと思われます。
ビニ-ルハウス栽培ではほとんど発現せず、直射日光の当たらない栽培では少なくなります。
これは紫外線がカットされるためです。
黒色が出ていても、食べても健康に害はありませんし、調理時に熱を加えると黒色が緑色に変るので違和感なく食べられます。